1997年5月に創立40周年記念事業を締めくくる特別事業として井上道義指揮のもとヨーロッパ公演を行い、プラハの春音楽祭、ギリシアのテッサロニキでの EUジャパン・フェストへの出演を含め、クラクフ、ウィーン、ザグレブでブラームス、ショスタコーヴィチ、武満徹の作品を中心に全5公演を実施し、各国で高い評価を得た。
1998年、ウーヴェ・ムントが第10代常任指揮者に就任。1999年から2001年にかけてシベリウス、スメタナ、バルトーク、マーラーの作品を録音し、ドイツのアルテ・ノヴァ社から世界に向けてコンパクトディスクを発売した。
2003年度から、京響は第11代常任指揮者の大友直人とともに、西日本で初めての子どもを対象とした定期的な演奏会「こどものためのコンサート」に新たに取り組み、大好評を博す。
2004年度からは、毎年地域の文化会館等を巡回演奏する「みんなのコンサート」にテーマ性を持たせてリニューアルするなど、より幅広い聴衆へ音楽の素晴らしさを伝えていくことに努め、2006年度には創立50周年を祝い、シェーンベルク「グレの歌」京都初演、国内7都市へのコンサート・ツアー、「おでかけコンサート」などで成功をおさめた。2007年1月「第25回京都府文化賞特別功労賞」受賞、同9月には京都のイメージ向上に貢献したことで「京都創造者大賞２００７・京都創造者賞（アート・文化部門）」を受賞。
2008年4月、第12代常任指揮者に広上淳一、初の桂冠指揮者に大友直人が就任し、2009年からは「スプリング・コンサート」や「オーケストラ・ディスカバリー」など新企画で注目を集める。
2014年4月、指揮者体制を一新し、第12代常任指揮者兼ミュージック・アドヴァイザーに広上淳一、常任首席客演指揮者に高関健、常任客演指揮者に下野竜也が就任。
2015年2月、「第27回ミュージック・ペンクラブ音楽賞」のクラシック部門における「オペラ・オーケストラ部門賞」を、また2015年4月、広上淳一とともに「第46回サントリー音楽賞」を受賞。
録音では、広上淳一指揮による定期演奏会のライブ録音「名曲ライブシリーズ」CD第1弾を2010年11月、第2弾を2012年2月、第3弾を2013年9月に発売。
2015年6月には、2016年の創立60周年を記念して、広上淳一の指揮のもと、1997年以来18年ぶりのヨーロッパ公演をプルゼニ（チェコ/プルゼニ市公会堂）、ケルン（ドイツ/ケルン・フィルハーモニー）、アムステルダム（オランダ/コンセルトヘボウ）、フィレンツェ（イタリア/オペラ・ディ・フィレンツェ）の4都市で開催して大きな成功を収めた。
2016年は創立60周年を記念して国内ツアー6公演と京都市内各所で「ふらっとコンサート」全10回を開催し、平成28年度地域文化功労者表彰を受ける。
2017年1月「第37回（2016年度）音楽クリティック・クラブ賞」本賞、同年3月には、2016年12月開催「創立60周年記念特別演奏会」におけるシュトックハウゼン：3つのオーケストラのための「グルッペン」（指揮：広上淳一、高関健、下野竜也）ほかの演奏が高く評価されて「第29回ミュージック・ペンクラブ音楽賞」クラシック部門「現代音楽部門賞」を受賞。2017年4月から下野竜也を常任首席客演指揮者に据えて、常任指揮者兼ミュージック・アドヴァイザー広上淳一、常任首席客演指揮者・高関健及び下野竜也による強靭な３人指揮者体制を確立。
2020年4月から第13代常任指揮者兼芸術顧問に広上淳一（2022年3月まで）、首席客演指揮者にジョン・アクセルロッド（2023年3月まで）が就任。2008年4月から2022年3月まで14 年間にわたり常任指揮者を務めた広上淳一のもとでは、数々の名演を生み出して黄金時代を築き上げた。
2023年、沖澤のどかが第14代常任指揮者に就任。研ぎ澄まされた感性と卓越した推進力で京響に新しい風を吹き込んでいる。2024年、伝統と革新を融合した演奏スタイルを追求するヤン・ヴィレム・デ・フリーントを首席客演指揮者に迎え、一層のレパートリーの拡充と演奏の充実を図っている。
2025年度は「王道！斬新！」を主催公演のテーマに、古典の名曲から現代音楽に至るまで、京響ならではの独自性と魅力ある公演を展開。京都コンサートホールでの定期演奏会をはじめ、ロームシアター京都でのオペラやコンサートのほか、小中学生を対象とした音楽鑑賞公演、0歳から楽しめる演奏会、地域でのアウトリーチ活動、若い人達への楽器講習会など、幅広い世代や地域社会とのつながりを大切にした活動にも積極的に取り組む。
2026年度には創立70周年を迎え、新たな一歩を踏み出す重要な節目となる。地域での活動を主軸に置きつつ、「世界文化自由都市宣言」を掲げる京都市の＜世界に向けて最高の音楽を発信し続ける＞オーケストラとして国内外での存在感をさらに強めることを目指す。
