平成9年5月に創立40周年記念事業を締めくくる特別事業として井上道義指揮のもとヨーロッパ公演を行い、プラハの春音楽祭、ギリシアのテッサロニキでの EUジャパン・フェストへの出演を含め、クラクフ、ウィーン、ザグレブでブラームス、ショスタコーヴィチ、武満徹の作品を中心に全5公演を実施し、各国で高い評価を得た。

平成10年、ウーヴェ・ムントが第10代常任指揮者に就任。平成11年から13年にかけてシベリウス、スメタナ、バルトーク、マーラーの作品を録音し、ドイツのアルテ・ノヴァ社から世界に向けてコンパクトディスクを発売した。

平成15年度から、京響は第11代常任指揮者の大友直人とともに、西日本で初めての子どもを対象とした定期的な演奏会「こどものためのコンサート」に新たに取り組み、大好評を博す。

平成16年度からは、毎年地域の文化会館等を巡回演奏する「みんなのコンサート」にテーマ性を持たせてリニューアルするなど、より幅広い聴衆へ音楽の素晴らしさを伝えていくことに努め、平成18年度には創立50周年を祝い、シェーンベルク「グレの歌」京都初演、国内7都市へのコンサート・ツアー、「おでかけコンサート」などで成功をおさめた。平成19年1月「第25回京都府文化賞特別功労賞」受賞、同9月には京都のイメージ向上に貢献したことで「京都創造者大賞２００７・京都創造者賞（アート・文化部門）」を受賞。

平成20年4月からは新しく、初の桂冠指揮者に大友直人、第12代常任指揮者に広上淳一が就任し、平成22年11月には広上淳一指揮による定期演奏会のライブ録音2枚組CDアルバム第１弾を発売するなど、文化芸術都市京都にふさわしい「世界に誇れるオーケストラ」として前進をはかっている。